Редактирование: GNU R

== GNU R (пакет R-base) ==
(для 8-й платформы)

При установке пакета R-base устанавливается некоторое количество библиотек (см. результат выполнения функции library() в сеансе R).

Если требуются дополнительные библиотеки, то их нужно устанавливать с зеркал CRAN из исходных текстов.

==== Сборочные зависимости ====
Для обеспечения сборки библиотек, устанавливаемых из исходных текстов с зеркал CRAN, нужно убедиться, что в системе установлены следующие пакеты:
* R-devel
* libcurl
* libcurl-devel
* liblapack
* liblapack-devel
* libopenblas
* libopenblas-devel
* libgfortran3
* libgfortran5-devel
* gcc-fortran-common
* gcc5-fortran
* libnlopt
* libnlopt-devel
* libnlopt-cxx
* libGL-devel
* libGLU-devel

Если что-то не установлено, нужно поставить с использованием apt-get install или менеджера пакетов.

'''В 64-разрядной системе''', кроме того, нужно создать символическую ссылку на libX11.so.x.y (с именем libX11.so) в каталоге /usr/lib

В многопользовательской системе библиотеки R можно ставить для отдельного пользователя, а можно - общесистемно (для всех пользователей).

Общесистемная установка выполняется в сеансе пользователя root.

=== Общесистемная установка библиотек для R ===
Поскольку в операционных системах АЛЬТ root не может работать в графическом интерфейсе, то в сеансе пользователя нужно запустить терминал и перейти в сеанс root командой

<code>$ su -</code>

после чего ввести пароль для root'a.

Затем в сеансе пользователя root запускаем R:

<code># R</code>

Перед установкой библиотек нужно сначала выбрать зеркало CRAN (используем текстовый режим):

<code>> chooseCRANmirror(graphics=FALSE)</code>

Показывается список зеркал. Можно выбрать любое близлежащее путем ввода соответствующего числа (номера). Если при попытке установки библиотек R с зеркал, поддерживающих протокол HTTPS, 
будут появляться ошибки, связанные с доступом к зеркалу, следует выбирать варианты, для которых нет указания [https] после имени зеркала. 

После выбора зеркала дается команда на установку библиотеки. Для начала можно поставить библиотеку Rcmdr (R Commander), которая не только обеспечивает графический интерфейс для использования R, но и сопровождается дополнительными полезными библиотеками (в частности, библиотекой ggplot2).


<code>> install.packages('Rcmdr')</code>

После загрузки исходных текстов библиотек, компиляции и сборки (минут 40-60) получаем сведения о благополучном завершении процесса

 .......
 * DONE (Rcmdr)
 Making 'packages.html' ... done
 
 The downloaded source packages are in
 	‘/tmp/.private/root/RtmplHcEiJ/downloaded_packages’
 Updating HTML index of packages in '.Library'
 Making 'packages.html' ... done
 > 
 

Далее можно посмотреть на изменения в наборе библиотек (см. результат выполнения функции library()).

'''UPD:''' некоторым библиотекам для сборки требуется ''x86_64-alt-linux-gfortran'' (для платформы x86_64), а в ''/usr/bin'' может быть, например, ''x86_64-alt-linux-gfortran-8''. Тогда библиотека не собирается. Решение: сделать симлинк. Для i586 - аналогично.

=== Обеспечение DataMinig ===

Для задач машинного обучения и DataMinig может быть использована графическая оболочка '''rattle'''.

Чтобы она установилась (и работала) опытным путем выяснилось, что требуется выполнить установку дополнительных пакетов:
 
 # apt-get install libgtk+2 libgtk+2-devel libgtk+2-locales
 # apt-get install libxml2 libxml2-devel xml-utils libxml++2 libxml++2-devel

=== Замечания и комментарии ===
Часть графических библиотек в R использует библиотеку rgl. С ней возможны проблемы.

Выход - не пользоваться такими графическими библиотеками (подробности - см. [https://cran.r-project.org/web/views/Graphics.html CRAN Task View: Graphic Displays & Dynamic Graphics & Graphic Devices & Visualization])

[[Категория:Специализированный софт]]
{{Category navigation|title=Специализированный софт|category=Специализированный софт|sortkey={{SUBPAGENAME}}}}