Chemistry

Материал из ALT Linux Wiki

Химические программы

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программа приведен здесь.

  • chemtool (наиболее стабильная(!) и дотаточно функциональная программа). Есть в Sisyphus'е
  • Немного напоминает комерческий ChemOffice. Есть в Sisyphus'е

Планируется добавить:

  • BKChem. Написана на python, есть небольшие изьяны.

Обработка экспериментальных данных

  • Qtiplot - лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
  • gnuplot - класика, а значит стоит обратить внимание.
  • grace - достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff - пугает пользователей.

Конвертирование форматов файлов

  • openbabel - все в дной программе.

Визуализация молекул

  • Rasmol - достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в Sisyphus'е
  • povray - презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в Sisyphus'е
  • gabedit - GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчетов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в Sisyphus'е
  • wxmacmolplt - визуализация данных квантово-механических расчетов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий. Есть в Sisyphus'е

Планируется добавить:

  • molden - достаточно стабильная и проверенная и временемм и количеством пользователей.
  • Raster3D - презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный нализ

  • Platon - просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Интсрумент №1 кристаллографа. Есть в Sisyphus'е

Планируется добавить:

  • Консольные spgr, sginfo, mergehkl - кристаллографу то что надо.
  • Encifer и Mercury - исходные кода не доступны, но программы для некомерческого пользования - бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
  • Olex2 - Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.