Chemistry: различия между версиями

Материал из ALT Linux Wiki
(Новая: == Список программ, необходимый людям химических специальностей == ==== Рисование химических формул ==== ...)
 
Нет описания правки
Строка 1: Строка 1:
== Список программ, необходимый людям химических специальностей ==
= Список программ, необходимый людям химических специальностей =


==== Рисование химических формул ====
=== Рисование химических формул ===
Замечательный обзор по этим программа приведен [http://groundstate.ca/chemdraw здесь].
Замечательный обзор по этим программа приведен [http://groundstate.ca/chemdraw здесь].


Строка 7: Строка 7:
* Немного напоминает комерческий ChemOffice. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem Sisyphus'е]
* Немного напоминает комерческий ChemOffice. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem Sisyphus'е]


====''Планируется добавить''====
''Планируется добавить'':
 
* [http://bkchem.zirael.org/index.html BKChem]. Написана на python, есть небольшие изьяны.
* [http://bkchem.zirael.org/index.html BKChem]. Написана на python, есть небольшие изьяны.


=== Обработка экспериментальных данных ===
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/qtiplot Qtiplot] - лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gnuplot gnuplot] - класика, а значит стоит обратить внимание.
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/grace grace] - достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff - пугает пользователей. 
=== Конвертирование форматов файлов ===
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/openbabel openbabel] - все в дной программе.
=== Визуализация молекул ===
* Rasmol - достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/RasMol Sisyphus'е]
* povray - презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/povray Sisyphus'е]
* gabedit - GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчетов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gabedit Sisyphus'е]
* wxmacmolplt - визуализация данных квантово-механических расчетов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt Sisyphus'е]
''Планируется добавить'':
* [http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html molden] - достаточно стабильная и проверенная и временемм и количеством пользователей.
* [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d Raster3D] - презентабельные растровые изображения для публикации.


=== Структурный нализ ===
* Platon - просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Интсрумент №1 кристаллографа. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/platon Sisyphus'е]


''Планируется добавить'':


Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/chemtool Sisyphus'е]
* Консольные spgr, [http://cci.lbl.gov/sginfo/ sginfo], mergehkl - кристаллографу то что надо.
* [http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/ Encifer] и [http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ Mercury] - исходные кода не доступны, но программы для некомерческого пользования - бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии. 
* [http://www.olex2.org/ Olex2] - Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.

Версия от 08:16, 10 февраля 2009

Список программ, необходимый людям химических специальностей

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программа приведен здесь.

  • chemtool (наиболее стабильная(!) и дотаточно функциональная программа). Есть в Sisyphus'е
  • Немного напоминает комерческий ChemOffice. Есть в Sisyphus'е

Планируется добавить:

  • BKChem. Написана на python, есть небольшие изьяны.

Обработка экспериментальных данных

  • Qtiplot - лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
  • gnuplot - класика, а значит стоит обратить внимание.
  • grace - достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff - пугает пользователей.

Конвертирование форматов файлов

  • openbabel - все в дной программе.

Визуализация молекул

  • Rasmol - достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в Sisyphus'е
  • povray - презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в Sisyphus'е
  • gabedit - GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчетов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в Sisyphus'е
  • wxmacmolplt - визуализация данных квантово-механических расчетов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий. Есть в Sisyphus'е

Планируется добавить:

  • molden - достаточно стабильная и проверенная и временемм и количеством пользователей.
  • Raster3D - презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный нализ

  • Platon - просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Интсрумент №1 кристаллографа. Есть в Sisyphus'е

Планируется добавить:

  • Консольные spgr, sginfo, mergehkl - кристаллографу то что надо.
  • Encifer и Mercury - исходные кода не доступны, но программы для некомерческого пользования - бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
  • Olex2 - Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.