GNU R — различия между версиями

Материал из ALT Linux Wiki
Перейти к: навигация, поиск
м
м (Change header level)
Строка 1: Строка 1:
=== GNU R (пакет R-base) ===
+
== GNU R (пакет R-base) ==
 
(для 8-й платформы)
 
(для 8-й платформы)
  

Версия 16:24, 24 марта 2018

GNU R (пакет R-base)

(для 8-й платформы)

При установке пакета R-base устанавливается некоторое количество библиотек (см. результат выполнения функции library() в сеансе R).

Если требуются дополнительные библиотеки, то их нужно устанавливать с зеркал CRAN из исходных текстов.

Сборочные зависимости

Для обеспечения сборки библиотек, устанавливаемых из исходных текстов с зеркал CRAN, нужно убедиться, что в системе установлены следующие пакеты:

  • R-devel
  • liblapack
  • liblapack-devel
  • libopenblas
  • libopenblas-devel
  • libgfortgran3
  • libgfortran5-devel
  • gcc-fortran-common
  • gcc5-fortran
  • libnlopt
  • libnlopt-devel
  • libnlopt-cxx
  • libGL-devel
  • libGLU-devel

Если что-то не установлено, нужно поставить с использованием apt-get install или менеджера пакетов.

В 64-разрядной системе, кроме того, нужно создать символическую ссылку на libX11.so.x.y (с именем libX11.so) в каталоге /usr/lib

В многопользовательской системе библиотеки R можно ставить для отдельного пользователя, а можно - общесистемно (для всех пользователей).

Общесистемная установка выполняется в сеансе пользователя root.

Общесистемная установка библиотек для R

Поскольку в операционных системах АЛЬТ root не может работать в графическом интерфейсе, то в сеансе пользователя нужно запустить терминал и перейти в сеанс root командой

$ su -

после чего ввести пароль для root'a.

Затем в сеансе пользователя root запускаем R:

# R

Перед установкой библиотек нужно сначала выбрать зеркало CRAN (используем текстовый режим):

> chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

Показывается список зеркал, поддерживающих протокол HTTPS. Можно выбрать любое близлежащее путем ввода соответствующего числа (номера). Если затем при попытке установки библиотек R будут появляться ошибки, связанные с доступом к зеркалу, то следует выбрать последний вариант -

74: (HTTP mirrors)

Из списка зеркал, поддерживающих протокол HTTP, также можно выбрать ближайшее (в России зеркала CRAN уже нет).

После выбора зеркала дается команда на установку библиотеки. Для начала можно поставить библиотеку Rcmdr (R Commander), которая не только обеспечивает графический интерфейс для использования R, но и сопровождается дополнительными полезными библиотеками (в частности, библиотекой ggplot2).


> install.packages('Rcmdr')

После загрузки исходных текстов библиотек, компиляции и сборки (минут 40-60) получаем сведения о благополучном завершении процесса

.......
* DONE (Rcmdr)
Making 'packages.html' ... done

The downloaded source packages are in
	‘/tmp/.private/root/RtmplHcEiJ/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
> 

Далее можно посмотреть на изменения в наборе библиотек (см. результат выполнения функции library()).


Замечания и комментарии

Часть графических библиотек в R использует библиотеку rgl. С ней возможны проблемы.

Выход - не пользоваться такими графическими библиотеками (подробности - см. CRAN Task View: Graphic Displays & Dynamic Graphics & Graphic Devices & Visualization)