Chemistry: различия между версиями

Версия от 08:42, 10 февраля 2009

Химические программы

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программа приведён здесь.

chemtool — (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа). Есть в Sisyphus’е
Немного напоминает коммерческий ChemOffice. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить:

BKChem. Написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

Qtiplot — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
gnuplot — классика, а значит стоит обратить внимание.
grace — достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff — пугает пользователей.

Конвертирование форматов файлов

openbabel — все в одной программе.

Визуализация молекул

Rasmol — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в Sisyphus’е
povray — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в Sisyphus’е
gabedit — GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в Sisyphus’е
wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить:

molden — достаточно стабильная и проверенная и временем и количеством пользователей.
Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить:

Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то что надо.
Encifer и Mercury — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
Olex2 — Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.

@@ Строка 4: / Строка 4: @@
 Замечательный обзор по этим программа приведён [http://groundstate.ca/chemdraw здесь].
-* chemtool (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа). Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/chemtool Sisyphus’е]
+* '''chemtool''' — (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа). Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/chemtool Sisyphus’е]
 * Немного напоминает коммерческий ChemOffice. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem Sisyphus’е]
 ''Планируется добавить'':
-* [http://bkchem.zirael.org/index.html BKChem]. Написана на python, есть небольшие изъяны.
+* [http://bkchem.zirael.org/index.html '''BKChem''']. Написана на python, есть небольшие изъяны.
 === Обработка экспериментальных данных ===
-* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/qtiplot Qtiplot] — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
+* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/qtiplot '''Qtiplot'''] — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
-* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gnuplot gnuplot] — классика, а значит стоит обратить внимание.
+* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gnuplot '''gnuplot'''] — классика, а значит стоит обратить внимание.
-* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/grace grace] — достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff — пугает пользователей.
+* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/grace '''grace'''] — достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff — пугает пользователей.
 === Конвертирование форматов файлов ===
-* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/openbabel openbabel] — все в одной программе.
+* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/openbabel '''openbabel'''] — все в одной программе.
 === Визуализация молекул ===
-* Rasmol — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/RasMol Sisyphus’е]
+* '''Rasmol''' — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/RasMol Sisyphus’е]
-* povray — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/povray Sisyphus’е]
+* '''povray''' — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/povray Sisyphus’е]
-* gabedit — GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gabedit Sisyphus’е]
+* '''gabedit''' — GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gabedit Sisyphus’е]
-* wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt Sisyphus’е]
+* '''wxmacmolplt''' — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt Sisyphus’е]
 ''Планируется добавить'':
-* [http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html molden] — достаточно стабильная и проверенная и временем и количеством пользователей.
+* [http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html '''molden'''] — достаточно стабильная и проверенная и временем и количеством пользователей.
-* [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d Raster3D] — презентабельные растровые изображения для публикации.
+* [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d '''Raster3D'''] — презентабельные растровые изображения для публикации.
 === Структурный анализ ===
-* Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/platon Sisyphus’е]
+* '''Platon''' — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/platon Sisyphus’е]
 ''Планируется добавить'':
-* Консольные spgr, [http://cci.lbl.gov/sginfo/ sginfo], mergehkl — кристаллографу то что надо.
+* Консольные '''spgr''', [http://cci.lbl.gov/sginfo/ '''sginfo'''], '''mergehkl''' — кристаллографу то что надо.
-* [http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/ Encifer] и [http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ Mercury] — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
+* [http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/ '''Encifer'''] и [http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ '''Mercury'''] — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
-* [http://www.olex2.org/ Olex2] — Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.
+* [http://www.olex2.org/ '''Olex2'''] — Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.
 [[Категория:Пользователю]]