Chemistry: различия между версиями

Материал из ALT Linux Wiki
Нет описания правки
Нет описания правки
Строка 2: Строка 2:


=== Рисование химических формул ===
=== Рисование химических формул ===
Замечательный обзор по этим программа приведен [http://groundstate.ca/chemdraw здесь].
Замечательный обзор по этим программа приведён [http://groundstate.ca/chemdraw здесь].


* chemtool (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа). Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/chemtool Sisyphus'е]
* chemtool (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа). Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/chemtool Sisyphus’е]
* Немного напоминает комерческий ChemOffice. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem Sisyphus'е]
* Немного напоминает коммерческий ChemOffice. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem Sisyphus’е]


''Планируется добавить'':
''Планируется добавить'':


* [http://bkchem.zirael.org/index.html BKChem]. Написана на python, есть небольшие изьяны.
* [http://bkchem.zirael.org/index.html BKChem]. Написана на python, есть небольшие изъяны.


=== Обработка экспериментальных данных ===
=== Обработка экспериментальных данных ===
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/qtiplot Qtiplot] - лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/qtiplot Qtiplot] — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gnuplot gnuplot] - классика, а значит стоит обратить внимание.
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gnuplot gnuplot] — классика, а значит стоит обратить внимание.
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/grace grace] - достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff - пугает пользователей.
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/grace grace] — достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff — пугает пользователей.


=== Конвертирование форматов файлов ===
=== Конвертирование форматов файлов ===
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/openbabel openbabel] - все в одной программе.
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/openbabel openbabel] — все в одной программе.


=== Визуализация молекул ===
=== Визуализация молекул ===
* Rasmol - достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/RasMol Sisyphus'е]  
* Rasmol — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/RasMol Sisyphus’е]
* povray - презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/povray Sisyphus'е]
* povray — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/povray Sisyphus’е]
* gabedit - GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчетов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gabedit Sisyphus'е]
* gabedit — GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gabedit Sisyphus’е]
* wxmacmolplt - визуализация данных квантово-механических расчетов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt Sisyphus'е]
* wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt Sisyphus’е]


''Планируется добавить'':
''Планируется добавить'':


* [http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html molden] - достаточно стабильная и проверенная и временемм и количеством пользователей.  
* [http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html molden] — достаточно стабильная и проверенная и временем и количеством пользователей.
* [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d Raster3D] - презентабельные растровые изображения для публикации.
* [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d Raster3D] — презентабельные растровые изображения для публикации.


=== Структурный нализ ===
=== Структурный анализ ===
* Platon - просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/platon Sisyphus'е]
* Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/platon Sisyphus’е]


''Планируется добавить'':
''Планируется добавить'':


* Консольные spgr, [http://cci.lbl.gov/sginfo/ sginfo], mergehkl - кристаллографу то что надо.  
* Консольные spgr, [http://cci.lbl.gov/sginfo/ sginfo], mergehkl — кристаллографу то что надо.
* [http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/ Encifer] и [http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ Mercury] - исходные кода не доступны, но программы для некомерческого пользования - бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
* [http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/ Encifer] и [http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ Mercury] — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
* [http://www.olex2.org/ Olex2] - Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.
* [http://www.olex2.org/ Olex2] — Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.


[[Категория:Пользователю]]
[[Категория:Пользователю]]

Версия от 08:39, 10 февраля 2009

Химические программы

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программа приведён здесь.

  • chemtool (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа). Есть в Sisyphus’е
  • Немного напоминает коммерческий ChemOffice. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить:

  • BKChem. Написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

  • Qtiplot — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
  • gnuplot — классика, а значит стоит обратить внимание.
  • grace — достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff — пугает пользователей.

Конвертирование форматов файлов

  • openbabel — все в одной программе.

Визуализация молекул

  • Rasmol — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в Sisyphus’е
  • povray — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в Sisyphus’е
  • gabedit — GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в Sisyphus’е
  • wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить:

  • molden — достаточно стабильная и проверенная и временем и количеством пользователей.
  • Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

  • Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить:

  • Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то что надо.
  • Encifer и Mercury — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
  • Olex2 — Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.