Chemistry — различия между версиями

Материал из ALT Linux Wiki
Перейти к: навигация, поиск
(Разное)
(Структурный анализ)
Строка 35: Строка 35:
 
== Структурный анализ ==
 
== Структурный анализ ==
 
* ''' [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/platon Platon]''' — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.
 
* ''' [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/platon Platon]''' — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.
 +
* ''' [http://ewald.ac.chemie.uni-goettingen.de/shelx/ ShelXle]''' — Графический интерфейс к пакету '''[http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/ SHELX-97]''', написанный с использованием Qt4.
  
 
=== Планируется добавить ===
 
=== Планируется добавить ===
* Консольные '''spgr''', [http://cci.lbl.gov/sginfo/ '''sginfo'''], '''mergehkl''' — кристаллографу то, что надо.
+
* Консольные '''spgr''', [http://cci.lbl.gov/sginfo/ '''sginfo'''] (функции, предоставляемые данной программой, присутствуют в platon), '''mergehkl''' — кристаллографу то, что надо.
 
* [http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/ '''Encifer'''] и [http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ '''Mercury'''] — исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
 
* [http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/ '''Encifer'''] и [http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ '''Mercury'''] — исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
* [http://www.olex2.org/ '''Olex2'''] — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.
+
* [http://www.olex2.org/ '''Olex2'''] — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных. Требует наличия '''[http://cctbx.sourceforge.net/ cctbx]''', который не поддаётся правильной упаковке в rpm.
  
 
== Разное ==
 
== Разное ==

Версия 03:46, 10 декабря 2011

Химические программы


См. также соответствующий раздел Scientific Applications on Linux и Linux4Chemistry; для присутствующих в Sisyphus пакетов ссылки выставлены на странички пакетов, иначе — на сайты/странички программ.

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программам приведён здесь.

  • chemtool — наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа.
  • XChemDraw — немного напоминает коммерческий ChemOffice.

Планируется добавить

  • BKChem — написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

  • Qtiplot — лучшее из того что p_solntsev@ видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
  • gnuplot — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется.
  • grace — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode. Перевод учебника на русский язык и Пример регрессионного анализа

Конвертирование форматов файлов

  • openbabel — всё в одной программе.

Визуализация молекул

  • RasMol — достаточно простая программа для визуализации молекул.
  • povray — презентабельные растровые изображения для публикации.
  • gabedit — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое.
  • wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий.
  • molden — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей. Работает с форматами GAMESS-UK, GAMESS-US, PCGAMESS/Firefly, GAUSSIAN и программами для полуэмпирических расчетов Mopac/Ampac.
  • PyMOL - просмотр и рисование трёхмерных структур, анимация молекул (надо расписать поподробней, а то на русском информации вообще не найти).

Планируется добавить

  • Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.
  • Avogadro - инструмент для визуализации молекул. Применяетмся в расчетной химии, молекулярном моделировании, материалознавстве и смежных областях.

Структурный анализ

  • Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.
  • ShelXle — Графический интерфейс к пакету SHELX-97, написанный с использованием Qt4.

Планируется добавить

  • Консольные spgr, sginfo (функции, предоставляемые данной программой, присутствуют в platon), mergehkl — кристаллографу то, что надо.
  • Encifer и Mercury — исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
  • Olex2 — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных. Требует наличия cctbx, который не поддаётся правильной упаковке в rpm.

Разное

  • GPeriodic — периодическая система химических элементов (таблица Менделеева)
  • KAtomic (также в версии для KDE4) — образовательная программа на манер Sokoban
  • GROMACS — биомолекулярная динамика (моделирование и анализ), также возможно использование в химии полимеров и твёрдого тела. Дополнительно см. GUI для GROMACS, а также Моделирование в GROMACS (практическое руководство)
  • xmolwt — простой калькулятор молекулярных масс на gtk+ (src.rpm для AltLinux можно взять тут)
  • MMCalc — ещё один калькулятор молекулярных масс (написан на perl, интерфейс на Gtk2, есть так же консольный вариант)