Chemistry: различия между версиями

Материал из ALT Linux Wiki
м (→‎Визуализация молекул: тоже перелинковал)
Строка 19: Строка 19:


== Визуализация молекул ==
== Визуализация молекул ==
* '''RasMol''' — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/RasMol Sisyphus]
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/RasMol RasMol]''' — достаточно простая программа для визуализации молекул.
* '''povray''' — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/povray Sisyphus]
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/povray povray]''' — презентабельные растровые изображения для публикации.
* '''gabedit''' — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gabedit Sisyphus]
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gabedit gabedit]''' — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое.
* '''wxmacmolplt''' — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt Sisyphus]
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt wxmacmolplt]''' — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий.


=== Планируется добавить ===
=== Планируется добавить ===

Версия от 14:06, 10 февраля 2009

Химические программы

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программа приведён здесь.

  • chemtool — (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа).
  • XChemDraw — немного напоминает коммерческий ChemOffice.

Планируется добавить

  • BKChem — написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

  • Qtiplot — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
  • gnuplot — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется.
  • grace — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode.

Конвертирование форматов файлов

  • openbabel — всё в одной программе.

Визуализация молекул

  • RasMol — достаточно простая программа для визуализации молекул.
  • povray — презентабельные растровые изображения для публикации.
  • gabedit — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое.
  • wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий.

Планируется добавить

  • molden — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей.
  • Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

  • Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить

  • Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то что надо.
  • Encifer и Mercury — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
  • Olex2 — Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.