Chemistry: различия между версиями

Материал из ALT Linux Wiki
м (→‎Визуализация молекул: small readability fixes)
Строка 4: Строка 4:
Замечательный обзор по этим программа приведён [http://groundstate.ca/chemdraw здесь].
Замечательный обзор по этим программа приведён [http://groundstate.ca/chemdraw здесь].


* '''chemtool''' — (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа). Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/chemtool Sisyphus’е]
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/chemtool chemtool]''' (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа).
* '''XChemDraw''' — немного напоминает коммерческий ChemOffice. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem Sisyphus’е]
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem XChemDraw]''' немного напоминает коммерческий ChemOffice.


=== Планируется добавить ===
=== Планируется добавить ===

Версия от 14:05, 10 февраля 2009

Химические программы

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программа приведён здесь.

  • chemtool — (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа).
  • XChemDraw — немного напоминает коммерческий ChemOffice.

Планируется добавить

  • BKChem — написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

  • Qtiplot — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
  • gnuplot — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется.
  • grace — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode.

Конвертирование форматов файлов

  • openbabel — всё в одной программе.

Визуализация молекул

  • RasMol — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в Sisyphus
  • povray — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в Sisyphus
  • gabedit — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в Sisyphus
  • wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий. Есть в Sisyphus

Планируется добавить

  • molden — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей.
  • Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

  • Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить

  • Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то что надо.
  • Encifer и Mercury — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
  • Olex2 — Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.