Chemistry: различия между версиями

Материал из ALT Linux Wiki
Нет описания правки
Строка 1: Строка 1:
'''Химические программы'''
'''Химические программы'''


=== Рисование химических формул ===
== Рисование химических формул ==
Замечательный обзор по этим программа приведён [http://groundstate.ca/chemdraw здесь].
Замечательный обзор по этим программа приведён [http://groundstate.ca/chemdraw здесь].


Строка 7: Строка 7:
* Немного напоминает коммерческий ChemOffice. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem Sisyphus’е]
* Немного напоминает коммерческий ChemOffice. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem Sisyphus’е]


''Планируется добавить'':
=== Планируется добавить ===
 
* [http://bkchem.zirael.org/index.html '''BKChem''']. Написана на python, есть небольшие изъяны.
* [http://bkchem.zirael.org/index.html '''BKChem''']. Написана на python, есть небольшие изъяны.


=== Обработка экспериментальных данных ===
== Обработка экспериментальных данных ==
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/qtiplot '''Qtiplot'''] — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/qtiplot '''Qtiplot'''] — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gnuplot '''gnuplot'''] — классика, а значит стоит обратить внимание.
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gnuplot '''gnuplot'''] — классика, а значит стоит обратить внимание.
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/grace '''grace'''] — достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff — пугает пользователей.
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/grace '''grace'''] — достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff — пугает пользователей.


=== Конвертирование форматов файлов ===
== Конвертирование форматов файлов ==
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/openbabel '''openbabel'''] — всё в одной программе.
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/openbabel '''openbabel'''] — всё в одной программе.


=== Визуализация молекул ===
== Визуализация молекул ==
* '''Rasmol''' — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/RasMol Sisyphus’е]
* '''Rasmol''' — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/RasMol Sisyphus’е]
* '''povray''' — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/povray Sisyphus’е]
* '''povray''' — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/povray Sisyphus’е]
Строка 25: Строка 24:
* '''wxmacmolplt''' — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt Sisyphus’е]
* '''wxmacmolplt''' — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt Sisyphus’е]


''Планируется добавить'':
=== Планируется добавить ===
 
* [http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html '''molden'''] — достаточно стабильная и проверенная и временем и количеством пользователей.
* [http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html '''molden'''] — достаточно стабильная и проверенная и временем и количеством пользователей.
* [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d '''Raster3D'''] — презентабельные растровые изображения для публикации.
* [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d '''Raster3D'''] — презентабельные растровые изображения для публикации.


=== Структурный анализ ===
== Структурный анализ ==
* '''Platon''' — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/platon Sisyphus’е]
* '''Platon''' — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/platon Sisyphus’е]


''Планируется добавить'':
=== Планируется добавить ===
 
* Консольные '''spgr''', [http://cci.lbl.gov/sginfo/ '''sginfo'''], '''mergehkl''' — кристаллографу то что надо.
* Консольные '''spgr''', [http://cci.lbl.gov/sginfo/ '''sginfo'''], '''mergehkl''' — кристаллографу то что надо.
* [http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/ '''Encifer'''] и [http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ '''Mercury'''] — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
* [http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/ '''Encifer'''] и [http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ '''Mercury'''] — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.

Версия от 08:47, 10 февраля 2009

Химические программы

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программа приведён здесь.

  • chemtool — (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа). Есть в Sisyphus’е
  • Немного напоминает коммерческий ChemOffice. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить

  • BKChem. Написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

  • Qtiplot — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
  • gnuplot — классика, а значит стоит обратить внимание.
  • grace — достаточно стабильная программа, правда интерфейс Motiff — пугает пользователей.

Конвертирование форматов файлов

  • openbabel — всё в одной программе.

Визуализация молекул

  • Rasmol — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в Sisyphus’е
  • povray — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в Sisyphus’е
  • gabedit — GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в Sisyphus’е
  • wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить

  • molden — достаточно стабильная и проверенная и временем и количеством пользователей.
  • Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

  • Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в Sisyphus’е

Планируется добавить

  • Консольные spgr, sginfo, mergehkl — кристаллографу то что надо.
  • Encifer и Mercury — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
  • Olex2 — Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.