Chemistry: различия между версиями

Материал из ALT Linux Wiki
м (нет такого example.ogg; это не "пользователю" вообще, а именно спец-; catnav добавляет cat)
 
(не показана 41 промежуточная версия 13 участников)
Строка 1: Строка 1:
'''Химические программы'''
{{span|font-size: 200%|Химические программы}}
----
См. также соответствующий раздел [http://www.sai.msu.su/sal/Z/2/ Scientific Applications on Linux] и [http://www.redbrick.dcu.ie/~noel/linux4chemistry/ Linux4Chemistry]; для присутствующих [http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/packages/Sciences/Chemistry в Sisyphus] пакетов ссылки выставлены на странички пакетов, иначе — на сайты/странички программ.


== Рисование химических формул ==
== Рисование химических формул ==
Замечательный обзор по этим программа приведён [http://groundstate.ca/chemdraw здесь].
Замечательный обзор по этим программам приведён [http://groundstate.ca/chemdraw здесь].


* '''chemtool''' — (наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа). Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/chemtool Sisyphus’е]
* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/chemtool chemtool]''' наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа.
* '''XChemDraw''' — немного напоминает коммерческий ChemOffice. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/xdrawchem Sisyphus’е]
* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/xdrawchem xdrawchem]''' немного напоминает коммерческий ChemOffice.


=== Планируется добавить ===
=== Планируется добавить ===
Строка 11: Строка 13:


== Обработка экспериментальных данных ==
== Обработка экспериментальных данных ==
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/qtiplot '''Qtiplot'''] — лучшее из того что я видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin.
* [http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/qtiplot '''Qtiplot'''] — лучшее из того что p_solntsev@ видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin (доступно только в Pro-версии).
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gnuplot '''gnuplot'''] — классика, а значит, стоит обратить внимание.  Скриптуется.
* [http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/gnuplot '''gnuplot'''] — классика, а значит, стоит обратить внимание.  Скриптуется.
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/grace '''grace'''] — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей.  Умеет batch mode.
* [http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/grace '''grace'''] — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей.  Умеет batch mode. [ftp://ice.spb.ru/pub/articles/grace_Tutorial.html.zip Перевод учебника на русский язык] и [ftp://ice.spb.ru/pub/articles/grace_simple_regression.odt Пример регрессионного анализа]


== Конвертирование форматов файлов ==
== Конвертирование форматов файлов ==
* [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/openbabel '''openbabel'''] — всё в одной программе.
* [http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/openbabel '''openbabel'''] всё в одной программе.


== Визуализация молекул ==
== Визуализация молекул ==
* '''Rasmol''' — достаточно простая программа для визуализации молекул. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/RasMol Sisyphus’е]
* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/RasMol RasMol]''' достаточно простая программа для визуализации молекул.
* '''povray''' — презентабельные растровые изображения для публикации. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/povray Sisyphus’е]
* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/povray povray]''' презентабельные растровые изображения для публикации.
* '''gabedit''' — GUI оболочка с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/gabedit Sisyphus’е]
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/p5/gabedit gabedit]''' GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое (p5).
* '''wxmacmolplt''' — визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/wxmacmolplt Sisyphus’е]
* '''[http://www.sisyphus.ru/srpm/p5/wxmacmolplt wxmacmolplt]''' визуализация данных квантово-механических расчётов программами [http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html PCGAMESS] и [http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAMESS US], задание геометрий (p5).
* '''[http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html molden'''] — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей. Работает с форматами GAMESS-UK, GAMESS-US, PCGAMESS/Firefly, GAUSSIAN и программами для полуэмпирических расчетов Mopac/Ampac (2009/02/14).
* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/pymol PyMOL]''' - просмотр и рисование трёхмерных структур, анимация молекул ''(надо расписать поподробней, а то на русском информации вообще не найти)''.
* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/avogadro Avogadro]''' - инструмент для визуализации молекул. Применяетмся в расчетной химии, молекулярном моделировании, материалознавстве и смежных областях.


=== Планируется добавить ===
=== Планируется добавить ===
* [http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html '''molden'''] — достаточно стабильная и проверенная и временем и количеством пользователей.
 
* [http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d '''Raster3D'''] — презентабельные растровые изображения для публикации.
* '''[http://skuld.bmsc.washington.edu/raster3d Raster3D]''' презентабельные растровые изображения для публикации.


== Структурный анализ ==
== Структурный анализ ==
* '''Platon''' — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент № 1 кристаллографа. Есть в [http://www.sisyphus.ru/srpm/Sisyphus/platon Sisyphus’е]
* ''' [http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/platon Platon]''' просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.
* ''' [http://ewald.ac.chemie.uni-goettingen.de/shelx/ ShelXle]''' — Графический интерфейс к пакету '''[http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/ SHELX-97]''', написанный с использованием Qt4.


=== Планируется добавить ===
=== Планируется добавить ===
* Консольные '''spgr''', [http://cci.lbl.gov/sginfo/ '''sginfo'''], '''mergehkl''' — кристаллографу то что надо.
* Консольные '''spgr''', [http://cci.lbl.gov/sginfo/ '''sginfo'''] (функции, предоставляемые данной программой, присутствуют в platon), '''mergehkl''' кристаллографу то, что надо.
* [http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/ '''Encifer'''] и [http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ '''Mercury'''] — исходные кода не доступны, но программы для некоммерческого пользования — бесплатны. Для упаковки в rpm пакет необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
* [http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/encifer/ '''Encifer'''] и [http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ '''Mercury'''] исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
* [http://www.olex2.org/ '''Olex2'''] — Программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных.
* [http://www.olex2.org/ '''Olex2'''] — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных. Требует наличия '''[http://cctbx.sourceforge.net/ cctbx]''', который не поддаётся правильной упаковке в rpm.
 
== Разное ==
* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/gperiodic GPeriodic]''' — периодическая система химических элементов (таблица Менделеева)
* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/kdegames KAtomic]''' (также в версии [http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/kde4games для KDE4]) — образовательная программа на манер Sokoban
* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/gromacs GROMACS]''' — биомолекулярная динамика (моделирование и анализ), также возможно использование в химии полимеров и твёрдого тела. Дополнительно см. '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/gromacs-gui GUI для GROMACS]''', а также [http://aleks37.blogspot.com/2010/11/gromacs.html Моделирование в GROMACS (практическое руководство)]
* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/xmolwt xmolwt]''' — простой калькулятор молекулярных масс на gtk+ (src.rpm для ALT Linux взят [http://www.ogion76.name/home/misc здесь])
* '''[http://packages.altlinux.org/ru/Sisyphus/srpms/mmcalc MMCalc]''' — ещё один калькулятор молекулярных масс (написан на perl, интерфейс на Gtk2, есть так же консольный вариант)


[[Категория:Пользователю]]
[[Категория:Специализированный софт]]
[[Категория:Специализированный софт]]
{{Category navigation|title=Специализированный софт|category=Специализированный софт|sortkey={{SUBPAGENAME}}}}

Текущая версия от 12:58, 29 июня 2015

Химические программы


См. также соответствующий раздел Scientific Applications on Linux и Linux4Chemistry; для присутствующих в Sisyphus пакетов ссылки выставлены на странички пакетов, иначе — на сайты/странички программ.

Рисование химических формул

Замечательный обзор по этим программам приведён здесь.

  • chemtool — наиболее стабильная(!) и достаточно функциональная программа.
  • xdrawchem — немного напоминает коммерческий ChemOffice.

Планируется добавить

  • BKChem — написана на python, есть небольшие изъяны.

Обработка экспериментальных данных

  • Qtiplot — лучшее из того что p_solntsev@ видел (gnuplot, kdeplot, grace, OOcalc). Активно поддерживается автором и способна даже импортировать файлы Origin (доступно только в Pro-версии).
  • gnuplot — классика, а значит, стоит обратить внимание. Скриптуется.
  • grace — достаточно мощная и стабильная программа, но интерфейс Motif — с непривычки пугает пользователей. Умеет batch mode. Перевод учебника на русский язык и Пример регрессионного анализа

Конвертирование форматов файлов

  • openbabel — всё в одной программе.

Визуализация молекул

  • RasMol — достаточно простая программа для визуализации молекул.
  • povray — презентабельные растровые изображения для публикации.
  • gabedit — GUI с дополнительными инструментами для обработки данных квантово-механических расчётов различными программами, задание геометрий и многое другое (p5).
  • wxmacmolplt — визуализация данных квантово-механических расчётов программами PCGAMESS и GAMESS US, задание геометрий (p5).
  • molden — достаточно стабильная, проверенная и временем, и количеством пользователей. Работает с форматами GAMESS-UK, GAMESS-US, PCGAMESS/Firefly, GAUSSIAN и программами для полуэмпирических расчетов Mopac/Ampac (2009/02/14).
  • PyMOL - просмотр и рисование трёхмерных структур, анимация молекул (надо расписать поподробней, а то на русском информации вообще не найти).
  • Avogadro - инструмент для визуализации молекул. Применяетмся в расчетной химии, молекулярном моделировании, материалознавстве и смежных областях.

Планируется добавить

  • Raster3D — презентабельные растровые изображения для публикации.

Структурный анализ

  • Platon — просто бомба. 30 лет выдержки, постоянно что-то добавляется автором. Просто супер. Инструмент №1 кристаллографа.
  • ShelXle — Графический интерфейс к пакету SHELX-97, написанный с использованием Qt4.

Планируется добавить

  • Консольные spgr, sginfo (функции, предоставляемые данной программой, присутствуют в platon), mergehkl — кристаллографу то, что надо.
  • Encifer и Mercury — исходные коды недоступны, но программы для некоммерческого пользования бесплатны. Для упаковки в rpm необходимо у авторов уточнить условия лицензии.
  • Olex2 — программа для решения, уточнения и интерпретирования структурных данных. Требует наличия cctbx, который не поддаётся правильной упаковке в rpm.

Разное

  • GPeriodic — периодическая система химических элементов (таблица Менделеева)
  • KAtomic (также в версии для KDE4) — образовательная программа на манер Sokoban
  • GROMACS — биомолекулярная динамика (моделирование и анализ), также возможно использование в химии полимеров и твёрдого тела. Дополнительно см. GUI для GROMACS, а также Моделирование в GROMACS (практическое руководство)
  • xmolwt — простой калькулятор молекулярных масс на gtk+ (src.rpm для ALT Linux взят здесь)
  • MMCalc — ещё один калькулятор молекулярных масс (написан на perl, интерфейс на Gtk2, есть так же консольный вариант)