Folding@Home

Материал из ALT Linux Wiki
Перейти к: навигация, поиск

Установка ПО Folding@Home в Altlinux.[править]

Folding@Home — проект распределённых вычислений поведения белковых молекул для решения теоретических задач биохимии человека. В рамках Folding@Home изучаются биохимические механизмы нескольких болезней. Сайт проекта предлагает всем желающим выполнять этапы расчётов на своём компьютере или смартфоне. Существуют версии под GNU/Linux, но только для Debian/Ubuntu и RedHat/Centos/Fedora. Установка в Altlinux имеет свои особенности.

1. Загружаем RPM-пакеты.[править]

Их три:

  1. fahclient — собственно программа ведения расчётов, может работать в режиме демона (основной режим), но может работать и из командной строки;
  2. fahcontrol — программа управления клиентом, она не обязательна (у клиента есть вебинтерфейс), но удобна;
  3. fahviewer — программа визуализации (практического смысла не имеет).

На странице Linux Install Guide указаны три команды загрузки. Из этих команд нам нужны только URI пакетов, точные ссылки для версии 7.4.4-1 для платформы x86-86:

https://fah.stanford.edu/file-releases/public/release/fahclient/centos-5.3-64bit/v7.4/fahclient-7.4.4-1.x86_64.rpm
https://fah.stanford.edu/file-releases/public/release/fahcontrol/centos-5.3-64bit/v7.4/fahcontrol-7.4.4-1.noarch.rpm
https://fah.stanford.edu/file-releases/public/release/fahviewer/centos-5.3-64bit/v7.4/fahviewer-7.4.4-1.x86_64.rpm

Необходимы только две первые.

Для других версий достаточно найти свежие пакеты *.rpm для своей платформы в https://fah.stanford.edu/file-releases/public/release/fahclient/ и https://fah.stanford.edu/file-releases/public/release/fahcontrol/ (и в https://fah.stanford.edu/file-releases/public/release/fahviewer/, если нравятся картинки молекул).

2. Устанавливаем.[править]

Сначала устанавливаем fahcontrol, потом fahclient. Дело в том, что postinstall пакета fahclient запускает демон (выполняет стартовый скрипт /etc/init.d/FAHClient start)

Пакет fahcontrol-7.4.4-1.noarch.rpm зависит от python2.6 и для его работы требуется питоновский модуль sqlite3.

Из-за неразрешимой зависимости необходимо устанавливать пакет с опцией --nodep:

 sudo rpm -i --nodep fahcontrol-7.4.4-1.noarch.rpm

После установки fahcontrol требуется сделать симлинк из библиотеки для python 2.6 в библиотеку для python 2.7:

 sudo ln -s /usr/lib/python2.6/site-packages/fah /usr/lib/python2.7/site-packages/fah

Также нужно установить питоновский модуль для sqlite3:

 sudo apt-get install python-modules-sqlite3


Пакет fahclient-7.4.4-1.x86_64.rpm имеет зависимости от expat, на самом деле ненужную, и bzip-lib2, этот пакет в Altlinux называется bzip2-lib. Этот пакет также нужно устанавливать с --nodep:

sudo rpm -i --nodep fahclient-7.4.4-1.x86_64.rpm

3. Настраиваем.[править]

Запустите fahcontrol либо из командной строки (/usr/bin/FAHControl), либо из меню "Приложения" (он в разделе "Образование"). Дальше кликните "Configure" и настраивайте. Инструкция на сайте.

В расчёте можно использовать ресурсы (GPU) видеокарты (и даже нужно, потому что это эффективнее), для этого нужно его включить в настройке на вкладке "Slots". Например, чтобы использовать и CPU, и GPU, добавьте слот и измените его, переключив на GPU.

Чтобы можно было меряться "попугаями" в окне Configure на вкладке "Identity" задайте (произвольный) ник. Чтобы получать более сложные задания (и заработать больше очков), зарегистрируйтесь на сайте проекта, ссылка есть в FAHControl в окне configure на вкладке "Identity", затем на той же вкладке введите полученный ключ-пароль (passkey).

Среди расчётчиков идёт своебразное соревнование, они объединяются в команды. Русских команд в проекте несколько. Самая активная в этом году — Transhumans, cамая активная за всю историю проекта Folding@Home — TSC! Russia